No hay ninguna constancia, ni histórica ni arqueológica, bien documentada del territorio que hoy configura el municipio de Meruelo hasta el año 1001. Como es habitual en Trasmiera, la cita corresponde a una donación de casas y tierras al Monasterio de Santa María de Puerto de Santoña "in villa de Meruelo".
Con la progresiva consolidación de los poderes señoriales en el transcurso de la Baja Edad Media, Meruelo aparece ya en el siglo XIV como dependiente de la Casa de los Agüero.
Fue territorio de realengo y orden militar. Su alcalde era nombrado por el comendador de Vallejo, de la orden de San Juan de Malta, y por el rey.

Desde el punto de vista monumental, el edificio de más antigua cronología del municipio es la ermita de Aguachisza, en San Miguel de Meruelo, popular construcción del siglo XII. Algo posterior, quizás de los siglos XIV o XV, es el puente de Tresojos, también en San Miguel.
Interesantes son las iglesias parroquiales de San Mamés y de San Miguel, ambas del siglo XVII, en estilo barroco montañés, con buena imaginería de los siglos XVI (relieves del retablo mayor de la iglesia de San Miguel) y XVII. También de cronología moderna, pero de carácter mucho más popular, es la ermita de los Remedios (siglo XVII) en San Mamés, centro de importante devoción en la zona, con interesante retablo del siglo XVIII.
Por lo que se refiere a la arquitectura civil, destacan dos buenas casonas: la del Mazo en San Miguel, del siglo XVII, con heráldica; y la casa del Obispo de Osuna o de Agüera, en la misma localidad, de construcción posterior (siglo XIX) y también blasonada.

Meruelo participó en la organización de la Merindad de Siete Villas. En 1835 se convierte en ayuntamiento constitucional.