Es casi seguro que los parajes de lo que en la actualidad es el municipio de Castañeda estarían habitados desde los primeros tiempos de la Prehistoria, desde el Paleolítico Inferior. La no existencia de hallazgos arqueológicos no nos puede hacer olvidar que se encuentra limítrofe con el gran complejo kárstico del monte Castillo, en Puente Viesgo, uno de los núcleos más importantes de la prehistoria europea. 

Mantienen los expertos, que Castañeda se encontraba en la vía de comunicación que unía la Bahía de Santander y las minas de Peña Cabarga con la principal zona de penetración romana, la cuenca del Besaya (confluirían a la altura del actual pueblo de Riocorvo). Evidencias de ello son los restos de calzada romana localizados en La Cueva. 

En la Edad Media, el valle de Castañeda pertenecería a la Merindad de las Asturias de Santillana. Las referencias documentales existentes nos llevan al siglo XII, época de construcción de la Colegiata románica. Suponemos, sin embargo, que la zona incrementaría su número de habitantes desde el siglo VIII, con la llegada masiva de castellanos, que huyendo de los árabes, se establecieron en casi todas las comarcas de la actual Cantabria. En el siglos XII, el territorio pasó de depender del linaje de los Lara, a alcanzar la condición de realengo, siendo sus habitantes considerados de behetría. La Colegiata alcanzó, en este siglo, gran poder político y económico, recibiendo gran número de donaciones de iglesias y propiedades laicas del valle de Castañeda y de los limítrofes. En el siglo XIV, el rey vinculó el territorio al señorío del poderoso don Tello, su hijo natural, del linaje de los Manrique. El gran auge de Castañeda se alcanzó en el siglo XV, cuando el rey confirmó el señorío de Garci Fernández Manrique, y le nombró conde de Castañeda. La situación provocó graves conflictos señoriales con algunos señores locales como los Arce, y sobre todo con la poderosa familia de los Mendoza-de la Vega. En el siglo XVI, aún continúa el poder de los Manrique, condes de Castañeda y marqueses de Aguilar, que ceden la colegiata de la Santa Cruz de Castañeda al monasterio palentino de Santa María de Aguilar (1541).

Hasta el siglo XVIII, Castañeda no se librará del rango de señorío nobiliar. La muerte del duque de Medina Sidonia es aprovechada para solicitar la condición de realengo, que les es concedida, pasando a formar parte de la provincia de Cantabria. 

La gran belleza de la Colegiata románica de Castañeda (s.XII), la presenta como el edificio de mayor importancia artística e histórica de toda la comarca, y uno de los más importantes de Cantabria. En su interior se encuentra importantes obras como el sepulcro del Abad Munio Gonzales, del siglo XIV; el retablo mayor (1641) realizado por Hernando de Malla y la capilla de Frómesta, con retablo de 1706. Tiene, además, un interesante crucifijo gótico del siglo XIV. Otras construcciones a considerar son: la iglesia barroca de La Cueva, y la casona de los Alvear, con la capilla de San Juan dentro del recinto, en Villabáñez (hoy reutilizada como establecimiento de hostelería). La arquitectura popular del barrio de San Juan se debe destacar por su interés etnográfico.