El actual municipio de Reocín estuvo habitado desde la Prehistoria por grupos humanos que dejaron sus vestigios en cuevas como la Peña de Caranceja, con niveles del Solutrense y Magdaleniense Inferior; Cueva del Jiboso, con niveles paleolíticos y grabados de cronología incierta; Cueva de la Estación, decorada con "macarroni" animalísticos, similares a los de la Clotilde; Cueva de Escuvies con grabados incisos; y sobre todas ellas la cueva de La Clotilde, en Santa Isabel de Quijas. La Clotilde fue descubierta en 1907 por Alcalde del Río y Breuil. En sus paredes hay figuras de animales realizadas con los dedos, en arcilla blanda, entre las que se pueden distinguir un bóvido, un équido, un felino y varios signos. Sus descubridores dieron a estas representaciones una cronología paleolítica muy antigua. Junto a estas hay algunos ejemplares pintados bastante dudosos, pertenecientes a una tipología esquemático-abstracta.

De la existencia de la gens cántabra de los Blendios, en esta zona, no hay evidencias arqueológicas, sólo la mención que las fuentes hacen de ella. Los romanos sí dejaron evidencias en todo el municipio. Reocín gozó de una gran preferencia romana, ya que en su territorio se encontraban las codiciadas minas de calamita (en sus galerías se han encontrado herramientas, lucernas y monedas romanas). Puente San Miguel sería en época romana punto de confluencia de varias de las vías con destino Portus Blendium.

En la Edad Media, El valle de Reocín formaría parte de la Merindad de las Asturias de Santillana. En el libro de las Merindades de Castilla, se nombra a "Riofocim" vinculado a los Condes de Castilla. Con el aumento del poder monacal, y a pesar de que sus habitantes eran gentes de behetría, gran parte de los territorios pasaron a depender de la abadía de Santillana. En el siglo X se construyó la fortificación del castro medieval del Castillón (Reocín), testigo, hoy ruinosos, de estos acontecimientos.

En la Baja Edad Media, con la crisis de los monasterios y el crecimiento del poder nobiliar, el actual municipio de Reocín quedó bajo el control de la casa de la Vega, iniciándose una época de conflictos señoriales de los que fue testigo la torre medieval de los Bustamante, en Quijas (s.XIII-XV). El Pleito de los Valles (s.XVI) puso fin a todas las demandas y devolvió al territorio su condición de realengo. Con la formación de la provincia de los Nueve Valles, Reocín se convirtió en su capital y allí se estableció la Casa de Juntas. Se ponían las bases de la Provincia de Cantabria.

La emigración a América en los siglos XVII y XVIII provocó un gran desarrollo económico en la zona, llenando su caserío de numerosas iglesias y ermitas y de hermosas casonas barrocas de tipología señorial. Entre las primeras destacar la iglesia de San Ginés y la ermita de San José, en Cerrazo; las ermitas de San Pedro y de los Valles, con gran importancia histórica por ser lugar de reunión de la Junta de los Nueve Valles, en Puente San Miguel; San Juan Bautista y la ermita de San Benito, en Barcenaciones; San Andrés, en Caranceja y la Asunción y las ermitas del Buen Suceso y de los Mártires, en Quijas. Entre las casonas y palacios señoriales barrocos destacar: de Gónzalez Sánchez, en Cerrazo; la de los Agüera, la de los Manzanedo y la de Gómez de la Torre, en Barcenaciones; el palacio de Bustamante y el de Sobrecasa, en Caranceja; la casona de Orbe y el palacio-torre de los Bustamante -complejo arquitectónico con capilla y dependencias auxiliares-, en Quijas, etc.

En el siglo XX se construyó el complejo de edificios de la familia Botín, inmerso en un bello jardín romántico diseñado por Javier de Winthuisent. La casona fue proyectada según los gustos del regionalismo montañes, con portalada de Javier Gónzalez Riancho. La capilla panteón es obra reciente de Chueca Goitia.